مبادلهٔ اسیران جنگی بین دو کشور از سال ۱۳۶۹ آغاز شد. ایران آخرین گروه از اسرای جنگی عراقی را در سال ۱۳۸۱ به عراق تحویل داد.[۳]در این جنگ ارتش عراق به طور گسترده از جنگافزارهای شیمیایی علیه کردهای عراقی و مردم و نظامیان ایران استفاده کرد. ولی ادعای استفاده ایران از سلاحهای شیمیایی ثابت نشدهاست. همچنین دو طرف در مقاطعی اقدام به بمباران و موشکباران شهرها و اهداف غیرنظامی نمودند که در این مورد نیز عراق همواره پیشقدم بود. درگیریها برای مدتی در اواخر جنگ به خلیج فارس کشیده شد و طی آن تعداد زیادی سکوی نفتی و کشتیهای تجاری و نفتکش با پرچم کشورهای گوناگون آسیب دیدند.
ایالات متحده آمریکا در اواخر جنگ به شکل مستقیم وارد درگیری با ایران شد. از سوی دیگر کشورهای سوریه، کره شمالی و لیبی نیز از ایران حمایت تسلیحاتی و تکنولوژیکی کردند.از بعد نظامی عراق با استفاده از عنصر غافلگیری در ابتدای جنگ موفق شد بخشهایی از خاک ایران از جمله شهر خرمشهر را اشغال نماید. ایران در سالهای دوم و سوم جنگ موفق شد بیشتر مناطق اشغالی از جمله خرمشهر را آزاد نموده و در سال چهارم و پنجم جنگ نقاط مهمی همچون شبه جزیره فاو در جنوب و نیز ارتفاعات مشرف به سلیمانیه در شرق کشور عراق را تصرف کند.
شوروی یکی از دو ابرقدرت آن دوران از سال ۱۹۸۰ تامین نظامی هر دو کشور را متوقف کرده بود اما از سال ۱۹۸۲ به منبع اصلی عراق برای خرید سلاحهای پیشرفته تبدیل شد. آمریکا نیز در سال ۱۹۸۵ در جریان مذاکراتی پنهانی اقدام به فروش سلاح به ایران کرد. ایران که از سال ۱۹۸۴ جنگ را به داخل خاک عراق کشانده بود، در فوریه ۱۹۸۶ موفق به تصرف فاو یکی از مهمترین بنادر صدور نفت عراق شد. در ۸ ژانویه ۱۹۸۷ ایران عملیات عظیمی به نام کربلای ۵ را برای تصرف بصره دومین شهر بزرگ عراق به انجام رساند که در جریان آن ۶۵ هزار سرباز ایرانی و ۲۰ هزار عراق کشته شدند.
شورای امنیت سازمان ملل متحد در کل ۸ قطعنامه در این خصوص صادر نمود که همگی به جز قطعنامه ۵۹۸ توسط ایران رد شد. دو کشور در طول جنگ آسیبهای فراوان اقتصادی را متحمل شدند و بیش از یک میلیون نفر در این جنگ کشته یا مجروح شدند و زخمی شدند.