به قول از کتاب بقعه متبرکه و همچنین روزنامه قدس (مورخ 29/1/80 )قول مشهور این است امامزاده حیدر فرزند امام موسی کاظم علیه السلام از همراهان احمد بن موسی معروف به شاه چراغ بودند و به همراه برادرانش در سال 201 تا 203 عازم ایران شده است. همچنین در خود آستان مقدس دو اثر تاریخی و زیبا موجود است. اثر پای مبارک ایشان که اثر ضربه زدن با بیل و قطع انگشت مبارک آن حضرت در آن نمایان است و در همین اثر ، نشان خاتم مبارک ایشان که به خط کوفی نوشته شده حیدر بن موسی بن جعفر نیز موجود می باشد.
آستان مقدس امامزاده حیدر علیه السلام بهبهان امروزه همانند خورشیدی در آسمان خوزستان و استانهای هم جوار می درخشد و به عنوان پر زائرترین بقعه متبرکه خوزستان از دیرباز تاکنون میعادگاه عاشقان خاندان رسول اکرم صلی ا… علیه و اله بوده و همه روزه زائران زیادی از سراسر کشور به ویژه استانهای خوزستان ، کهگلویه و بویر احمد، فارس و بوشهر جهت زیارت و عرض ارادت به این امامزاده واجب التعظیم تشرف پیدا می کنند.
بنای اولیه آستان مربوط به سال 737 (ه.ق) بوده و بعدها در سال 1349 توسط هیات امناء وقت تجدید بنا شده است. بنای آستان متشکل از حیاط بزرگ ، صحن مطهر،روضه منوره ، سالن حضرت فاطمه زهرا (س)، مسجد امامزاده حیدر علیه السلام ، سالن جدید امام حسن مجتبی (ع) در دوطبقه ، گنبد و 4 گلدسته می باشد که از معماری منحصر به فرد اسلامی ایرانی برخوردار است.